霍蜜儿(郭晓婷 饰)看到自己和程慈航(乔振宇 饰)的关系得到莫采石(巫刚 饰)的首肯，她俨然以家庭主妇自居。这天，她发现座钟坏了，赶忙以孔二小姐的名义把座钟运到钟表行修理。这个钟表行的老板恰好就是莫采石原来找的王老板，他发现这个座钟比原来重了不少。王老板把座钟修好后，迟迟不见霍蜜儿来取，他发现座钟底部的螺丝没上好，让伙计把螺丝上好，伙计发现底座有东西。老板把所有人支开后发现，座钟底部藏着的铁匣子竟然贴有中央博物院的封条，仔细辨认后确认是五九档案。货找买家，王老板为发横财，把五九档案卖给了觊觎已久的小野。
严达庆(王品一 饰)迫于压力，在霍然(屈刚 饰)的示意下，带着记者到医院澄清事实，以误伤程慈航为由向他表示歉意。霍然和莫采石举行记者招待会，代表官方表明态度：撤销严达庆的所有奖励，并给予警告处分；授予程慈航首席独立大侦探的荣誉称号。
莫采石接到卫兵的电话，座钟不见了！莫采石认为最安全的地方却出现了意外，他不能坐以待毙。莫采石准备不惜一切代价追回五九档案，他命令特勤人员全面搜查五九档案，同时让刘阿常(马仑 饰)在江湖上撒开大网，尽早找到铁匣子，并对所有知情者杀之灭口。莫采石到医院询问程慈航是否知道座钟的下落，程慈航一头雾水。了解情况后，程慈航判断这事应该是霍蜜儿干的。莫采石弄清情况，领着刘阿常赶到钟表行，他还是晚了一步，王老板和所有员工全部被杀害。久经沙场的莫采石面对日本人的刺刀都不胆怯，这一次真的慌了。莫采石让刘阿常动员一切力量找到五九档案，只是不敢告诉程慈航，他害怕程慈航侦破案件。
案发现场，严达庆一筹莫展。
这边，欧阳倩(安以轩 饰)偷偷溜进档案室刚刚找到常熟警方发过来的文件，刘阿常就拿着莫采石的手令让管理员来找这份文件。管理员看到满屋狼藉的东西，怀疑有人进来过，他怎么也找不到莫采石所要的文件。欧阳倩看形势危急，赶忙把手中的文件悄悄扔到柜子下，刘阿常发现柜子下面的文件才离开。欧阳倩早就紧张得一身冷汗。
常熟警方怀疑日本人准备通过海运大王陈海把铁匣子运回日本，莫采石让刘阿常抓紧时间查陈海的背景。同时，欧阳倩也把这个消息告诉李丽兰(王伟 饰)，让锦线弟子也抓紧时间调查陈海，李丽兰建议欧阳倩把此事转告程慈航。程慈航质问莫采石五九档案的情况，准备到常熟调查五九档案的线索，莫采石最终采用折中方案，同意派欧阳倩到常熟调查。
刘阿常调查得知，陈海的海运公司有国际背景，官方调查不可能会有进展，只有找陈海的儿子陈如骏这个花花公子打开突破口。刘阿常调查得知，和陈如骏私会的姑娘叫美晴，是金融大员吴其祥的姨太太。莫采石准备借此重新布局，转移公众注意力。莫采石指示严达庆跟着吴其祥到常熟调查陈如骏。这样，警方派出的欧阳倩，跟随吴其祥的严达庆，还有马太太(朱亚英 饰)和李丽兰，三路人马为了同一个目的齐奔常熟。
常熟这块宝地即将热闹起来。陈如骏和美晴还若无其事地逛街消遣。李丽兰看到严达庆现身常熟街头，她告诉马太太，首都警察厅刑侦处处长严达庆也赶到了常熟。马太太让李丽兰惊扰一下吴其祥，让陈如骏引起警惕。果然，美晴看到吴其祥来到常熟，慌忙过来拉住吴其祥，李丽兰劝美晴看好自己男人，吴其祥有苦难言。随后来到的欧阳倩谎称陈如骏想做什么和五九档案无关，她让刘阿常抓紧时间查陈海的航运路线。
情思难耐的陈如骏不顾吴其祥已经回来，打电话到吴其祥家约美晴。吴其祥不让美晴接电话，他谎称自己第二天要到杭州。